Բավարիայի պատմությունը սկիզբ է առնում 1900 թվականի փետրվարի 27-ից` երբ բեռլինցի Ֆրանց Ջոնը իր 10 ընկերների հետ հիմնադրեց թիմը: Հենց նրանք էլ դարձան թիմի առաջին խաղացողները: Այն այդպես անվանվեց ի պատիվ գերմանական այդ հողի, որի կենտրոնը համարվում է Մյունխենը։ Սակայն հետագայում սովետական լրատվամիջոցներում ակումբին ամրագրվեց «Բայերն» -ի լատինալեզու անվանումը՝ «Բավարիա»: Բավարիայի պատմության «ՈՍԿԵ ԺԱՄԱՆԱԿԱՇՐՋԱՆԸ» սկսվել է (1963-1979թթ): Թիմը համարվում է Գերմանիայի ամենատիտղոսակիր թիմը: Մյունխենյան ակումբը իր պատմության ընթացքում 23-անգամ դարձել է Գերմանիայի չեմպիոն, 16 անգամ գավաթակիր, 5 անգամ սուպերգավաթակիր, 6 անգամ գերմանական լիգայի գավաթակիր։ Գերմանիայի սահմաններից դուրս «Բավարիա» -ն 5 անգամ հռչակվել է Չեմպիոնների լիգայի գավաթակիր, ՈՒԵՖԱ-ի գավաթակիր, Գավաթակիրների գավաթակիր, ՈՒԵՖԱ-ի սուպերգավաթակիր, և 3 անգամ աշխարհի ակումբային չեմպիոն: Բավարիայում են խաղացել ոչ միայն Բավարիայի պատմության այլ նաև ֆուտբոլի պատմության լեգենդար ֆուտբոլիստներ, ինչպիսիք են` Գերդ Մյուլլերը, Ուլի Հյոնեսը, Կառլ-Հայնց Ռումմենիգեն, Ֆրանց Բեկենբաուերը, Զեպպ Մայերը, Օլիվեր Կանը և այլոք։ Հիմա նրանք ՖԱ Բավարայում կարևոր պաշտոններ են զբաղեցնում։Այսօր փարահեղ պատմություն ունեցող կարմիրների թիմը նշում է իր 115- ամյակը:
